Žlkovce ležia na 48° 28′ severnej zemepisnej šírky a 17° 43′ východnej zemepisnej dĺžky, 9,5 km severozápadne od okresného mesta Hlohovec. Nachádzajú sa na aluviálnej nive dolného Považia a na východnom okraji Trnavskej sprašovej tabule v nadmorskej výške 145 metrov. Od Malých Karpát sa k nim rozprestiera diluviálny útvar zložený zväčša z hliny. Za obcou sa vo vzdialenosti asi 1,5 km smerom na západ tiahne stará obchodná cesta – v minulosti významná pre obchod. Na východ je obec otvorená svojou polohou do považskej doliny.
Obec Žlkovce bola tvorená jednou ulicou, ktorá bola v strede prerušená kratšou ulicou smerom z Hliníka k Červeníku. Hlavná ulica sa tiahne smerom od Ratkoviec. Kratšia cesta k Červeníku nadobudla väčší význam počas výstavby atómovej elektrárne v Jaslovských Bohuniciach.
V súčasnosti je hlavným napojením na cestu I. triedy z Trnavy do Piešťan. S hlavnou ulicou obce sa kríži pri kostole.